DNA-Chips

Agilent

- Breites Spektrum an Anwendungen (Genexpression, aCGH, ChIP-on-chip, DNA-Methylierung und miRNA-Profiling).

- Sehr großer linearer dynamischer Bereich (bis zu 5 Logs).

- eArray für die eingenständige und kostenlose Ersetllung eines Custom Designs für Genexpression, aCGH und ChIP-on-chip mit Milionen von Probes und eigenem Probe-Design.

- Ink-Jet in situ Synthese für maximale Flexibilität: keine minimale Abnahmemenge für Custom Microarrays.

- Vollständige Plattform inklusive Hard-, Software und Support.

Biozym

Combimatrix CustomArrays werden nach den Applikationsanforderungen des Anwenders mit Unterstützung von professionellen Bioinformatikern entworfen und synthetisiert. Von der Idee bis zum Array (Design on Demand) dauert es im Allgemeinen 30 Tage. Die Synthese der Sonden erfolgt in einem elektrochemischen Verfahren direkt auf dem Halbleiter-Chip. Daraus ergibt sich eine einmalige Spotqualität. Jeder Array wird vor der Auslieferung einer QC-Prozedur unterzogen. Aufgrund eines besonderen ‚Stripping’-Verfahrens kann jeder Array ohne Qualitätseinbußen 4-fach genutzt werden

Das Auslesen der Arrays erfolgt wahlweise mit Standard-Microarray-Scannern (z.B. Genepix 4000B) oder mit dem ElectraSense-Reader (elektrochemisches Ausleseverfahren).

Folgende Array-Formate sind erhältlich: 4 x 2K,12K, 90K. Des Weiteren gibt es auf der gleichen Technologie basierende Katalogarrays (z.B. Maus, Mensch, mi-RNA).

Diese Antwort stammt von: Dr. Monika Burbach, Produktmanager.

Eppendorf

Alle Eppendorf Microarrays – von den DualChips^® für Genexpressionsanalysen, dem DualChip GMO zur Identifizierung gentechnisch modifizierter Organismen über den TF-Chip zur parallelen Analyse aktivierter Transkriptionsfaktoren – bieten höchste Datenqualität und -sicherheit durch ein durchdachtes integriertes Kontrollsystem. Alle Sonden werden in silico und in situ getestet. Jeder Chip trägt zwei identische Arrays zum bestmöglichen Vergleich zweier Proben. Alle Systemkomponenten sind optimal aufeinander abgestimmt und im Labor sofort einsatzbereit: Die Microarray-Kits inklusive aller benötigten Komponenten, das Thermomixer^®-Hybridisierungssystem und die praktischen Hybridisierungsrähmchen, das patentierte Silverquant^®-System zur hochsensitiven Färbung und Detektion der Arrays sowie die intuitiv zu bedienende Software bilden die „All-in-One“-Lösung für erfolgreiche Microarray-Experimente. Als flexible und offene Plattform können DualChips für Genexpressionsanalysen und TF-Chips auch mittels Fluoreszenz markiert und detektiert werden.

Diese Antwort stammt von: Dr. Tanja Wille, Produktlinien-Manager.

febit

Geniom^®-Biochips bestehen aus acht separaten Mikroarrays, die sich innerhalb mikrofluidischer Kanäle befinden. Diese Kanäle dienen als Reaktionsträger für die In-situ-Synthese von Oligonukleotiden und gleichzeitig als Hybridisierungskammer. Jeder Mikroarray besitzt 15000 features. Der Geniom-Biochip mit acht Mikroarrays hat 120000 features. Der Vorteil solch eines Mikrofluidikchips ist, dass die Oligonukleotid-Synthese in einem abgeschlossenen, sterilen Raum stattfindet. Dadurch wird die Synthesequalität erhöht. Als Weiteres können Mikrofluidikchips in voll automatisierten Analyse-Geräten von febit untersucht werden.

Diese Antwort stammt von: Dr. Marcus Rothe, Product Manager.

FRIZ Biochem

FRIZ Biochem hat eine DNA-Chip-Technologie entwickelt, die auf direkter elektrischer Detektion beruht: Ein DNA-Mikroarray in Form eines „Dip-Stick“ kann nach der Amplifikation direkt in das PCR-Gefäß getaucht werden. Innerhalb weniger Minuten erhält man das Resultat.

Mit EDDA (electrically detected displacement assay) kann man eine Multiplex-DNA-Analyse innerhalb von etwa 1 h durchführen (20 min für die Nukleinsäureisolierung und -aufreinigung, 30 min für die PCR-Amplifizierung und ca. 5…10 min für die Hybridisierung und die Detektion auf dem Mikroarray). Der Chip, ein Mikroelektrodenarray, wird direkt in das PCR-Gefäß eingebracht. Aufwändige Label- oder Waschschritte sind dabei nicht notwendig. Basierend auf einem in der Halbleiterindustrie etablierten und standardmäßig angewendeten Herstellungsprozess kann der Chip als kostengünstige Massenware produziert werden.

Neben der Entwicklung von Tests für die medizinische Diagnostik (z. B. Subtypisierung von DNA des Human Papilloma Virus, Subtypisierung von Mykobakterien, wie Mycobacterium tuberculosis usw.) werden einfach zu verwendende, auf Kundenwünsche angepasste Chip-Kits (Chip & Primer & Protokoll) angeboten, die die Durchführung von eigenen semi-quantitativen, real-time-analogen PCR-Analysen ermöglichen.

Das Prinzip von EDDA: Die Elektroden sind mit Hybriden aus Fängersonde und Signaloligo modifiziert. Die Signaloligos sind zu den zu erwartenden, durch eine asymmetrische PCR erzeugten Amplifikaten komplementär. Das der Elektrode entgegensetzte Ende des Signaloligos dient als eine Andockstation für die Targets. Am elektrodennahen Ende ist das Signaloligo kovalent mit einer Ferrocen-Einheit modifiziert, die das eigentliche detektierbare Signal erzeugt. Eine Hybridisierung des passenden Targets verdrängt die Signaloligos, wodurch eine signifikante Verringerung des Signals induziert wird

Diese Antwort stammt von: Dr. Gerhard Hartwich, MBA, Geschäftsführer der FRIZ Biochem Gesellschaft für Bioanalytik mbH.

Greiner Bio-One

Die BioChip-Familie der Firma Greiner Bio-One zeichnet sich aus durch:

• Eine objektive Auswertung der Chips und eine übersichtliche Befunderstellung durch die automatisierte Analyse mit CheckScanner™ und CheckReport™-Software.
• Die einfache digitale Archivierung.
• Ready-to-use-Kits mit DNA-Arrays und Lösungen.
• Umfangreiche On-Chip-Kontrollen.
• Proben- und Kontrollanalyse in einer Reaktion.
• Eine sehr schnelle, komplexe Analyse (2...4 h).
• Eine LIMS-Anbindung der CheckReport™-Software.
• Die Möglichkeit QM-konformer Dokumentation.

PapilloCheck^® ist ein CE-zertifiziertes IVD zum qualitativen Nachweis und zur Genotypisierung von 24 humanen Papillomaviren (HPV) Typen.

ParoCheck^® ist ein CE-zertifiziertes IVD zur semi-quantitativen Bestimmung von 10 bzw. 20 verschiedenen parodontitisassoziierten Bakterien.

HairLoop™ CF-Test-Kit ist ein CE-zertifiziertes IVD zur Genotypisierung der 49 am häufigsten auftretenden Mutationen im CFTR-Gen.

CytoCheck^® ist ein Test-Kit zum Nachweis und zur Identifizierung von 40 Mykoplasma-Arten auf Artniveau in Zellkulturen oder anderen biologischen Materialien und wurde nach den Richtlinien der European Pharmacopoeia validiert.

CarnoCheck^® ist der erste DNA-Chip zum semi-quantitativen Nachweis acht unterschiedlicher Tierarten in Nahrungsmitteln und ermöglicht die detaillierte Kontrolle bzw. Qualitätssicherung von Lebensmitteln bei der Verarbeitung tierischer Bestandteile.

Diese Antwort stammt von: Dr. Silke Schütz, Vertrieb BioChips Deutschland.

KFB

Das KFB ist seit 5 Jahren offizieller Service Provider für Affymetrix GeneChip^®-Arrays. Die von Affymetrix angebotenen Mikroarrays bestechen durch eine hervorragende Reproduzierbarkeit und eine unerreichte Probendichte. Bis zu 6,5 Millionen Sonden erlauben die umfassendste Analyse des genomweiten Expressionsmusters im Markt. Die hohe Redundanz (der Exon Array weist beispielsweise eine Abdeckung von 40 verschiedenen Sonden pro Gen auf) in Kombination mit relativ kurzen Oligonukleotid-Sonden (standardmäßig werden 25mere verwendet) ergibt eine hohe Robustheit der Messwerte und führt insgesamt zu einem optimalen Gleichgewicht von Sensitivität und Spezifität.

Neben den Expressions-Arrays bietet das KFB auch Analysen mit allen anderen Affymetrix-Arraytypen an, zum Beispiel SNP-Arrays für Assoziationsstudien und Zytogenetik-Anwendungen, Tiling- und Promotor-Arrays für Transkriptionsfaktor-Mapping sowie Re-Sequenzierungs-Arrays für diagnostische Applikationen und populationsgenetische Studien.

Diese Antwort stammt von: Dr. Thomas Stempfl, Leiter KFB.

Peqlab

Jede produzierte Charge der Nexterion^® Microarray Slides wird strengsten Qualitätskontrollen unterzogen. Dazu gehören sowohl die Überprüfung anwendungsrelevanter Einzelparameter als auch die Durchführung von Hybridisierungsexperimenten. Die sehr hohe Chargenkonstanz erlaubt Wiederholungsversuche unter nahezu identischen Bedingungen. Das verwendete Glassubstrat weist eine äußerst geringe Eigenfluoreszenz auf, die durch spezielle Produktionsverfahren auch nach der Oberflächenfunktionalisierung unverändert niedrig bleibt. Aufgrund des ausgezeichneten Signal-Rausch-Verhältnisses können schon geringste Signalunterschiede stringent dargestellt werden. Optimierte Produktionsprozesse stellen eine besonders gleichmäßige Oberflächenbeschichtung sicher. Die homogene und konstante Verteilung der funktionellen Gruppen ist eine wesentliche Voraussetzung für die Qualität und Reproduzierbarkeit nachfolgender Immobilisierungs- und Hybridisierungsschritte.

Diese Antwort stammt von: Dr. Florian Bundis, Produktmanager.