Labo Online - Analytic, Labortechnik, Life Sciences
Home> Life Sciences> Zell- und Mikrobiologie>

Bioinformatik - Lebende Zelle am Computer simulieren

BioinformatikLebende Zelle am Computer simulieren

Vom 9. bis zum 13. März 2015 treffen sich junge Informatiker, Bioinformatiker und Systembiologen an der Universität Rostock um gemeinsam ein Simulationsmodell für die Zelle zu erarbeiten. Eingeladen hat dazu Dr. Dagmar Waltemath vom Lehrstuhl Systembiologie & Bioinformatik. Für ihre Idee mit internationalen Nachwuchswissenschaftlern im Rahmen einer Sommerschule eine Woche lang die Vorgänge einer Zelle am Rechner nachzubauen, konnte sie bei der VolkswagenStiftung 81000 Euro einwerben.

sep
sep
sep
sep
Dr. Jonathan Karr

Die weiteste Anreise haben die Teilnehmenden aus Australien und Brasilien hinter sich, wenn sie Anfang März in Rostock eintreffen. Weitere Teilnehmer kommen aus Afrika, den USA, China, Indien oder verschiedenen europäischen Ländern. 118 Bewerbungen hatte es gegeben, aus denen die 46 Teilnehmenden auf der Grundlage ihrer Qualifikation und Motivation, aber auch anhand sozialer Aspekte ausgewählt wurden.

Zusammen mit elf Tutoren haben sie das Ziel, eine bereits existierende Simulationsstudie über die biologische Zelle mit Standardformaten zu reproduzieren. Ein derartiges Modell ermöglicht es auf sehr einfache Weise, einzelne Parameter in einem biologischen System zu verändern und dessen Verhalten vorherzusagen, was sonst nur mühevoll und unter großem Kostenaufwand im Labor vorgenommen werden kann.

Anzeige

Die Grundlage dieses kniffligen Unterfangens einer rechnerbasierten Zellnachbildung bildet das sogenannte Karr-Modell, benannt nach dem Biophysiker Dr. Jonathan Karr von der Mt Sinai School of Medicine (New York). Jonathan Karr war es im Jahr 2012 gemeinsam mit anderen Forschern von der Stanford-University erstmals gelungen, ein umfassendes Computermodell einer ganzen Zelle zu erschaffen. Verarbeitet wurden für dieses Programm 900 wissenschaftliche Studien und über 1900 Stoffwechselvorgänge.

Allerdings gibt es dieses Modell bisher lediglich im geschlossenen Datenformat MATLAB, was die Wiederverwendung und Reproduzierbarkeit der Ergebnisse erschwert, wenn die entsprechende Software nicht zur Verfügung steht. An diesem Punkt möchte Dr. Waltemath ansetzen: „Wir wollen dieses Modell zusammen mit den jungen Forscherinnen und Forschern in einen offenen Standard konvertieren und dazu lediglich freie Software verwenden. Denn erst so kann das Modell plattform- und programmübergreifend genutzt werden.“ Jonathan Karr wird ebenfalls in dieser Woche nach Rostock reisen und den Nachwuchswissenschaftlern mit Rat und Tat beiseite stehen.

Überdies wird er am 9. März um 18:00 Uhr in der Aula im Universitätshauptgebäude einen öffentlichen Vortrag zu den wissenschaftlichen Herausforderungen in der Modellierung von biologischen Prozessen halten. Der Vortrag wird auf Englisch sein. Interessenten sind herzlich willkommen. Weitere Informationen: http://bit.ly/wholecell.

Kontakt:
Universität Rostock
Fakultät für Informatik und Elektrotechnik
Lehrstuhl Systembiologie & Bioinformatik
Dr. Dagmar Waltemath
Tel.: +49 381 498-7575
E-Mail: dagmar.waltemath@uni-rostock.de

Anzeige
Diesen Artikel …
sep
sep
sep
sep
sep

Weitere Beiträge zum Thema

Abstrakte Darstellung Passwortverschlüsselung

Datensicherheit aus dem LaborChemische Schlüssel für sichere Passwörter

Wissenschaftler aus dem KIT haben Informatik mit Chemie gepaart und ein gängiges Verschlüsselungsverfahren mit einem chemischen Passwort kombiniert. 

…mehr
Abstraktes Bild Daten und Menschen

OnlinekursWissen aus Daten generieren

Was hilft dabei, aus dem Meer an Rohdaten neues Wissen zu gewinnen? Antworten auf diese Frage gibt der englischsprachige Onlinekurs „Information Service Engineering“. Der sechswöchige Kurs startet am 16. April 2018 auf der interaktiven Bildungsplattform openHPI des Hasso-Plattner-Instituts.

…mehr

Regulatory Information ManagementDen Lebenszyklus pharmazeutischer Produkte digital verwalten

Mit RImanager können Pharma- und Biotechunternehmen auf effiziente Weise ihre regulatorischen Produktstammdaten verwalten sowie damit verbundene Aktivitäten, Prozesse, Zulassungen und Verpflichtungen planen und rückverfolgen.

…mehr
Prof. Dr. med. Dipl. Phys. Peter Krawitz

Künstliche IntelligenzComputergestützte Gesichtsanalyse hilft der Diagnose 

Forscher nutzen Methoden der künstlichen Intelligenz, um aus Daten zum Erbgut, der Oberflächenbeschaffenheit von Zellen und typischen Gesichtsmerkmalen Modelle von seltenen Erkrankungen zu simulieren.

…mehr

DatenintegrationRoche übernimmt Data-Analytics Unternehmen Viewics Inc.

Roche erweitert sein IT-Portfolio um weitere digitale Lösungen im Bereich Business Analytics für Labore. Business Analytics Tool unterstützt bei datengestützen Entscheidungen im Labor.

…mehr
Anzeige

Bildergalerien bei LABO online

Anzeige

Jetzt den LABO Newsletter abonnieren

LABO Newsletter abonnieren

Der kostenlose LABO Newsletter informiert Sie wöchentlich über neue Produkte, Lösungen, Technologietrends und Innovationen aus der Branche sowie Unternehmensnachrichten und Personalmeldungen.

Anzeige
Anzeige

Mediaberatung