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Agilent Technologies: Institut für Krebsforschung nutzt das HPLC/Chip MS-System zur Entwicklung einer Proteindatenbank

Das Institut für Krebsforschung (ICR) gab heute den Start der Internetseite des Zentrums für Bioinformatik und Klinische Proteine (CBCP) bekannt, über die Zugriff auf eine Datenbank mit 4.244 menschlichen - darunter auch krebsbezogenen - Proteinen besteht. Die Datenbank, die mit dem HPLC-Chip/Massenspektrometriesystem (MS) entwickelt wurde, unterstützt Forscher bei der Identifizierung von Proteinen und der Entdeckung krebsverwandter Biomarker. Dieses Proteomic-Werkzeug hilft Forschern bei der Untersuchung krebsverwandter Muster aus der Proteinexpression und erkennt schnell charakteristische Änderungen im Gewebe vom dem Zelltyp aus, auf den diese zurückzuführen sind", sagte Dr. Christopher Gerne, Professor am Institut für Biochemie und Leiter der Forschungsgruppe am Institut für Krebsforschung. Die Datenbank hilft uns bei der Standardisierung von Proteinanalysen und ermöglicht eine bessere Kenntnis der dem Krebs zugrundeliegenden Pathophysiologie. Die Proteine in der CBCP-Datenbank sind aufgrund der hohen Zuverlässigkeit auf Swissprot-Einträge beschränkt. Der derzeitige Fokus liegt auf Leber- und Darmkrebs, Melanomen und verschiedenen Arten der Leukämie. Artverwandte Proteine von Brust- und Lungenkrebs werden zur Datenbank in Kürze hinzukommen. Forscher können die Datenbank nutzen, um die Eignung spezieller Proteine als Biomarker zu testen, die Zugänglichkeit des Proteins über MS-Identifizierung abzuschätzen und die eigenen Proteomic-Daten damit zu vergleichen. Forscher am ICR benutzen verschiedene Agilent Geräte und Softwarepakete, um in der Datenbank erfasste Proteine zu identifizieren. Hierzu zählen auch das LC-System der Serie 1100, die XCT-Ultra Ionenfallen-MS mit Chip Cube ESI und der Spectrum Mill MS Proteomic Workbench Software. Die HPLC-Chip MS war beim Aufbau der Datenbank ein wesentlicher Bestandteil. Die Einführung der HPLC-Chip/MS hat unsere Arbeit wesentlich verbessert, merkte Gerner an. Durch die höhere Trennleistung steigert das System die Peptidkonzentration während der Elution ganz beachtlich. Es ist extrem robust und zuverlässig und arbeitet erfolgreich rund um die Uhr. Der HPLC-Chip ist kleiner als eine Kreditkarte und vereint Probenanreicherung und Trennleistung eines Nanoflow-HPLC-Systems mit komplexen Verbindungen und der Sprühdüse für die Elektrospray-Massenspektrometrie. Diese Technik eliminiert 50 % der Fittings und Verbindungen, die sonst in einem LC/MS-System benötigt werden. Mögliche Lecks und Totvolumina werden drastisch reduziert. Der Arbeitsablauf wird vereinfacht und die Empfindlichkeit und Zuverlässigkeit der Analysen erhöht.

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