Quantifizierung der lebenden Bakterien im AbwasserMikrobiologische Wasseranalytik mit qPCR

Oben: Probenvorbereitung. Zunächst werden die Zellwände der Mikroorganismen in der Probe aufgebrochen, um die DNA-Moleküle freizusetzen. Dies wird mittels DNA-Extraktion erreicht. Die resultierende Lösung, die sowohl freie DNA als auch aufgebrochene Zellfragmente enthält, wird auf Extraktionssäulen aufgetragen. Diese Säulen ermöglichen es, die Zellfragmente von der freien DNA zu trennen. Die DNA heftet sich an die Säulenmatrix und wird zurückgehalten, während die Zellfragmente die Säule passieren. Zum Schluss wird die DNA mithilfe eines speziellen Puffers von der Säule gelöst. Die extrahierte DNA ist von hoher Reinheit und spiegelt die ursprüngliche mikrobiologische Situation in der Probe genau wider. Unten: Vorgehensweise bei der qPCR-Analyse. Die zuvor extrahierte DNA-Probe wird mit einem bakterienspezifischen qPCR-Test gemischt,in ein Reaktionsgefäß pipettiert und in den Thermocycler verbracht. Durch zyklisches Erhöhen bzw. Absenken der Temperatur im Reaktionsgefäß werden die DNA-Moleküle enzymatisch vervielfältigt. Dabei entsteht das Fluoreszenzsignal. Zum Schluss berechnet eine Software anhand der Fluoreszenzintensität im Reaktionsgefäß die Menge der DNA in der ursprünglichen Probe. © DyeNA Genetics