Dem Ribosom bei der Arbeit zuschauenAus Sequenzierdaten die relevanten Informationen herausfiltern
Ein statistisches Verfahren könnte dabei helfen, die Funktion von bisher unbekannten Genen aufzuklären. ForscherInnen um Uwe Ohler vom BIMSB am MDC haben eine Filtermethode aus der Sprachsignalverarbeitung adaptiert und getestet.
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Die RiboTaper-Strategie: a) Die Multitaper-Methode (Thomson, 1982) spürt in den Ribo-seq-Signalen ein 3-Nukleotid-Muster auf. Das zeigt an, dass dort eine Translation stattfindet. Die rote Linie zeigt die statistische Schwelle (p-Wert 0,5). Mit diesem Ansatz konnten bekannte und neue „Open Reading Frames” identifiziert werden (hier am Beispiel des Gens MRPS21). b) Tausende dieser Open Reading Frames wurden in kodierenden und nicht-kodierenden Gen-Regionen entdeckt. TPM steht für „transcript per million”. (Abb: AG Ohler)