Methylom-Analyse

Alternative zur Bisulfit-Konversion schont DNA

New England Biolabs hat kürzlich eine Alternative zur Bisulfit-Konversion vorgestellt: Mit dem Nebnext Enzymatic Methyl-seq Kit (EM-seq) kann die Schädigung der DNA minimiert werden.

Höhere Ausbeuten mit NEBNext Enzymatic Methyl-Seq (EM-seq) bei weniger PCR-Zyklen im Vergleich zu Whole Genome Bisulfite-sequencing (WGBS) © New England Biolabs

Die Bisulfit-Konversion von DNA mit anschließender Sequenzierung ist bislang der Goldstandard für die 5-mC- & 5-hmC-Methylom-Analyse – trotz massiver Nachteile wie einer massiven Überrepräsentation von AT-reichen Regionen, ungewollten DNA-Schäden und Fragmentierung bis hin zum Probenverlust. Im Gegensatz dazu minimiert die bisulfitfreie, enzymatische Umwandlung der Basen mit dem Nebnext Enzymatic Methyl-seq Kit die Schädigung der DNA. So erreicht man laut Unternehmen dank längerer DNA-Fragmente eine erhöhte Mapping Efficiency ohne GC-Bias und detektiert kosteneffizient deutlich mehr CpGs mit weniger Reads bei gleichmäßiger Dinukleotid-Verteilung.

Diese neuartige enzymatische Konversion von New England Biolabs ist als praktisches Nebnext Enzymatic Methyl-seq Kit (EM-seq) inkl. Library Prep Reagenzien für Illumina-Sequenzer erhältlich. Für alle anderen Sequenzer oder Anwendungen gibt es diese enzymatische Methode auch als separates Nebnext Enzymatic Methyl-seq Conversion Module.

"Cool, biochemical aproach"

Anwender berichten über ihre Erfahrungen mit dem neuen Kit: Christopher Mason, Weill Cornell Medical School: "We’ve been testing EM-seqon a variety of inputs, platforms, and samples, and it shows more even coverage across CpG islands, the whole genome, and also greater detection of CpG sitesacross the genome vs. WGBS."

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Vladimir Benes, Head Genomics Core Facility at EMBL Heidelberg: "We were very excited by an opportunity to use the new EM-seqsystem launched now by NEB. In addition to its attractive features, such as user-friendliness and cleanliness of the process, for example, we have realized that it enables us to determine in precise and DNA sparing way the cytosine methylation status even at low integrity DNA. If bisulfite conversion were the only approach to apply, we would definitely fail to generate relevant results. The cool, biochemical approach to analyse cytosine methylation the system is utilizing, it also opens new avenues to explorations of methylation at intact long DNA fragments.”

Infos unter: www.neb-online.de/em-seq

Quelle: New England Biolabs

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