Forschungsdaten standardisiert einordnen
Einheitliche Qualitätsstandards für die Virenforschung
Ein internationales Konsortium stellt Richtlinien und Praxisempfehlungen für die Erforschung neuer Viren auf.
Mikroorganismen in, auf und um unseren Planeten wird nachgesagt, in ihrer Zahl die Anzahl der Sterne in der Milchstraße zu übersteigen. Die Gesamtanzahl der Viren ist jedoch um ein Vielfaches höher. Zahlreiche Arten sind derzeit noch unbekannt und der Forschung nicht zugänglich. Die Anzahl derartiger Datensätze verdreifacht sich jedes Jahr. Ein internationales Forschungsteam um den Mikrobiologen Thomas Rattei von der Universität Wien hat nun neue Standards zur Einordnung der Forschungsdaten definiert. Die Ergebnisse erscheinen aktuell im Fachjournal Nature Biotechnology.
Um einheitliche Qualitätsstandards in diesem wichtigen Forschungsbereich einzuführen, hat sich vor zwei Jahren ein internationales Konsortium formiert. Seitens der Universität Wien arbeitete Thomas Rattei vom Department für Mikrobiologie und Ökosystemforschung in dieser Gruppe mit. Das Team um den Mikrobiologen erforscht seit Jahren die Evolution viraler Proteinfamilien und entwickelt dafür spezielle Bioinformatik-Werkzeuge und -Datenbanken. Rattei argumentiert: "Viren sind nicht nur wichtige Krankheitserreger des Menschen, sondern essenzielle Bestandteile aller Ökosysteme. Deren Erforschung mit Hilfe moderner Genomik-Methoden ist nur möglich, wenn die erzeugten großen Datenmengen einheitlichen Qualitätsstandards gehorchen."
Das internationale Forschungsteam hat Inhalt und Struktur der minimalen Informationen definiert, die in der Genomforschung unkultivierbarer Viren wichtig sind. Dies umfasst Angaben zu Probenmaterial, Virus-Identifikation, Sequenzierung und Datenqualität. Die Angabe dieser Informationen wird für künftige Forschungsprojekte obligatorisch sein. Im Rahmen der aktuellen Publikation im Fachjournal Nature Biotechnology werden diese neuen Standards vorgestellt und durch Richtlinien und Praxisempfehlungen ergänzt.
Eine zentrale Rolle nahm bei der Koordination dieses Projekts das "Genomic Standards Consortium (GSC)" ein. Diese für alle WissenschaftlerInnen offene Gemeinschaft engagiert sich seit vielen Jahren für die Erstellung von Standards in der Genomforschung und hat schon zahlreiche internationale Projekte in diesem Bereich koordiniert. Vom 20. bis 23. Mai 2019 wird das GSC auch seine Jahrestagung an der Universität Wien abhalten.
"Diese Standards schließen eine wichtige Lücke und sind ein wirksames Instrument, um angesichts des massiven Wachstums der Sequenzdaten von Viren und Mikroorganismen vergleichende Analysen durchführen zu können", so Rattei – und ergänzt: "Sie bieten die Möglichkeit, Barrieren für den Datenaustausch niederzubrechen und die Reproduzierbarkeit der Genomforschung sicherzustellen. Die Notwendigkeiten sehen wir BioinformatikerInnen in unserer täglichen Arbeit immer wieder."
Publikation:
Simon Roux, Evelien M Adriaenssens, Bas E Dutilh, Eugene V Koonin, Andrew M Kropinski, Mart Krupovic, Jens H Kuhn, Rob Lavigne, J Rodney Brister, Arvind Varsani, Clara Amid, Ramy K Aziz, Seth R Bordenstein, Peer Bork, Mya Breitbart, Guy R Cochrane, Rebecca A Daly, Christelle Desnues, Melissa B Duhaime, Joanne B Emerson, François Enault, Jed A Fuhrman, Pascal Hingamp, Philip Hugenholtz, Bonnie L Hurwitz, Natalia N Ivanova, Jessica M Labonté, Kyung-Bum Lee, Rex R Malmstrom, Manuel Martinez-Garcia, Ilene Karsch Mizrachi, Hiroyuki Ogata, David Páez-Espino, Marie-Agnès Petit, Catherine Putonti, Thomas Rattei, Alejandro Reyes, Francisco Rodriguez-Valera, Karyna Rosario, Lynn Schriml, Frederik Schulz, Grieg F Steward, Matthew B Sullivan, Shinichi Sunagawa, Curtis A Suttle, Ben Temperton, Susannah G Tringe, Rebecca Vega Thurber, Nicole S Webster, Katrine L Whiteson, Steven W Wilhelm, K Eric Wommack, Tanja Woyke, Kelly C Wrighton, Pelin Yilmaz, Takashi Yoshida, Mark J Young, Natalya Yutin, Lisa Zeigler Allen, Nikos C Kyrpides & Emiley A Eloe-Fadrosh: Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG); in: Nature Biotechnology. DOI: nbt.4306
Das könnte Sie auch interessieren
tRNA-Neochromosom der Bierhefe
Einer Forschungskooperation des Max-Planck-Instituts für terrestrische Mikrobiologie unter Leitung des Manchester Institute of Biotechnology (MIB) ist es gelungen, ein tRNA-Neochromosom der Bierhefe herzustellen, welches in der Natur nicht vorkommt.
mehr...Proteomstudie mittels Massenspektrometrie
Proteomik und funktionelle Genomik
Ein internationales Forschungsteam hat eine zelluläre Proteom-Landkarte auf der Basis von Hefen als Modellorganismen erstellt. Diese Studie zählt zu den weltweit umfassendsten Proteomstudien.
mehr...Mehr als 100 Vorträge auf der Labvolution 2023
Sprecher und Sprecherinnen aus Wissenschaft und Labortechnikbranche informieren auf der Labvolution vom 9. bis 11. Mai 2023 über aktuelle Trends und Erkenntnisse sowie neue Technologien.
mehr...Integra übernimmt Miroculus
Integra Biosciences hat die Übernahme von Miroculus bekanntgegeben. Miroculus mit Sitz im kalifornischen San Francisco entwickelt schwerpunktmäßig Automatisierungslösungen für Next-Generation-Sequencing (NGS)-Protokolle
mehr...Liquid-Handling-Prozesse mit geringen Volumina
Der Autor beschreibt das Direktverdrängungsprinzip und seinen Nutzen für Pipettieren und Dispensieren kleiner Flüssigkeitsmengen, z.B. in miniaturisierten Systemen.
mehr...Leibniz-Preise 2023
Die Preisträgerinnen und Preisträger der Gottfried Wilhelm Leibniz-Preise 2023 stehen fest: Vier Wissenschaftlerinnen und sechs Wissenschaftler erhalten den bedeutenden Forschungsförderpreis.
mehr...Biotech-Unternehmen mit Vision für die...
Paul Scherrer Institut und Apollo Health Ventures gründen Focal Biosciences
Das Paul Scherrer Institut PSI und Apollo Health Ventures haben das Biotech-Unternehmen Focal Biosciences gegründet. Im Fokus der Forschung soll hier die Umprogrammierung von deregulierten Prozessen in Zellen stehen.
mehr...Mikroplastik-Aufnahme kann evolutionäre Veränderungen auslösen
Ein Forschungsteam zeigt mit seiner genomischen Studie, dass die Aufnahme von Mikroplastik Auswirkungen auf nachfolgende Generationen haben kann.
mehr...Selbstlernende Algorithmen in der Genomforschung nutzen
Der Zebrafisch ist ein wichtiger Modellorganismus – etwa um Erbkrankheiten zu untersuchen. Ein Team um Uwe Ohler berichtet in aktuellen Publikationen von Hochdurchsatz-Experimenten und KI-Methoden, mit denen eine detaillierte Karte des...
mehr...