ProteinquantifizierungVariable Fenster für die Quantifizierung

Bild 3: Anstieg an quantifizierten Peptiden unter Anwendung von verschiedenen SWATH®-Akquisitionsmethoden und Ionen-Bibliotheken. Dargestellt ist die Anzahl der Peptide, die über fünf Injektionsreplikate mit <1% FDR detektiert und mit <20 % CV quantifiziert wurden. Tryptisch verdaute HEK-Zellen-Lysate wurden mit drei verschiedenen SWATH®-Akquisitionsmethoden gemessen (34 Fenster mit 25 Da Breite (34 fx x 25 Da), 60 variable Fenster und 100 variable Fenster). Die Messungen wurden jeweils mit drei verschieden großen Ionenbibliotheken prozessiert, und die resultierende Anzahl quantifizierter Peptide aus allen Tests wurde in Bezug auf die ursprüngliche 34-feste-Fenster-Methode mit kleiner Bibliothek dargestellt. Bei Verwendung eines einzigen Bibliotheken-Typs wurde eine stetige Steigerung der quantifizierten Peptidzahlen mit der steigenden Anzahl an Fenstern beobachtet. Darüber hinaus zeigt der zusätzliche Vergleich zwischen den Bibliotheken untereinander eine Verbesserung der Resultate mit Bibliotheksgröße. Insgesamt wurden durch diese Innovationen des SWATH®-Workflows erhebliche Verbesserungen der Peptidquantifizierungen erreicht.