Qiagen erweitert NGS-Portfolio

Onkologie- und Immuno-Onkologie-Panels für Forschungszwecke

Qiagen gab heute die Einführung von drei innovativen „Sample to Insight“-Workflows für die Next-Generation-Sequencing-(NGS)-Forschung in der Onkologie unter Verwendung des GeneReader NGS-Systems von Qiagen und anderer NGS-Plattformen bekannt.

„Sample to Insight“-Lösungen ermöglichen die tiefgehende Analysen von krankheitsbezogenen Genommutationen. Zwei neue GeneRead QIAact-Panels für die Verwendung mit dem GeneReader-NGS-System von Qiagen liefern aussagekräftigere genomische Einblicke, wobei das eine ein breites Spektrum krebsverursachender Varianten abdeckt und das andere sich auf Gene konzentriert, die mit Brust- und Eierstockkrebs in Verbindung stehen. Darüber hinaus wird ein neues QIAseq-Panel für die Verwendung mit jedem NGS-System zur Messung der Tumormutationslast (TMB) eingeführt, eines neuen Biomarkers für die Beurteilung, wie ein Patient auf Checkpoint-Inhibitoren, eine Form der Krebsimmuntherapie, reagieren könnte.

„Die Expansion von Qiagen in den Bereich Next-Generation-Sequencing wird von einer bedeutenden Innovationsdynamik und von Partnerschaften mit Pharmaunternehmen getragen, die Begleitdiagnostika für ihre Medikamente entwickeln. Diese neuen Panels bieten eine noch tiefere Analyse beim Krebs-Profiling für GeneReader-NGS-Kunden und für Immuno-Onkologie-Forscher, da sie branchenweit führende Technologien für den präzisen Nachweis und wertvolle Erkenntnisse nutzen“, sagte Peer M. Schatz, Chief Executive Officer von QIAGEN. „Diese neuen Lösungen sind mit unserer branchenweit führenden Bioinformatik für Analyse und Interpretation verknüpft, die praktisch nutzbare Erkenntnisse liefert und damit weltweit klinische Forschung unterstützt. Da NGS immer mehr routinemäßig zum Einsatz kommt, nutzen Labors die „Sample to Insight”-Lösungen von QIAGEN, um mit höchster Effizienz, Präzision und Benutzerfreundlichkeit wertvolle Erkenntnisse zu gewinnen.“

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Neue Onkologie-Workflows für GeneReader
Die beiden neuen „Sample to Insight”-Workflows für das GeneReader-NGS-System bieten eine leistungsfähige Analyse, indem sie Gen-Abdeckung und Variantentypen erweitern und die unternehmenseigene „Digital NGS“-Technologie nutzen, um eine präzisere Quantifizierung, Erkennung und Interpretation von Varianten zu ermöglichen. Die neuen Workflows umfassen:
• Das GeneRead QIAact Actionable Insights Tumor (AIT) DANN UMI-Panel erweitert die Anzahl der abgedeckten Gene, die das Entstehen und das Voranschreiten der am stärksten verbreiteten Krebsarten, darunter Lungen- Bauchspeicheldrüsen- und Prostatakrebs sowie andere solide Tumore, beeinflussen, von 12 auf 30. Der Workflow zielt auf über 850 DNA-Varianten in Hotspot-Bereichen sowie auf 125 vollständige Exons ab.
• Das GeneRead QIAact BRCA Advanced UMI-Panel ermöglicht die Analyse vollständiger Exon-Codesquenzen der Gene BRCA1, BRCA2, TP53 und PTEN, denen bei der Entstehung und dem Voranschreiten von Brust- und Eierstockkrebs sowie von anderen Krebsarten eine Schlüsselrolle zukommt. Der Workflow ermöglicht eine Ausrichtung an den Richtlinien des National Comprehensive Cancer Network (NCCN) (Genetische/familiäre Hochrisikoeinstufung: Brust- und Eierstockkrebs) im Hinblick auf den Bedarf an umfassenden Tests, die die vollständige Sequenzierung von BRCA1/2 und die Erkennung großer Genumordnungen beinhalten.

Eine Besonderheit dieser neuen Lösungen ist laut Unternehmen die Erkennung von Kopienzahlvariationen (CNV) bis auf Exon-Ebene sowie größerer Deletionen, die pathogen sind, aber von NGS-Technologien, denen es an einer optimierten Ende-zu-Ende-Lösung mangelt, oft übersehen werden. Das nahtlos integrierte GeneReader-System erkennt effektiv CNV sowie Veränderungen in nicht-codierenden intronischen DNA-Regionen, die die Tumorsuppressorgene des Körpers beeinträchtigen können.

Wie alle neuen Panels für das GeneReader-NGS-System enthalten auch die GeneRead QIAact-Assays einen vor-optimierten und vor-überprüften „Sample to Report“-Workflow, der alle Schritte von der Probenentnahme bis hin zur Varianteninterpretation mit QIAGEN Clinical Insight (QCI) Interpret (nur für Forschungszwecke) abdeckt. Durch die Integration von QCI Interpret wird die von Experten kuratierte Knowledge Base von QIAGEN genutzt, um die aktuellste Interpretation von Varianten unter Nutzung der internationalen Richtlinien für die Variantenklassifizierung zu erhalten. Dies versetzt Labore in die Lage, Hunderte von DNA-Mutationen, die die Entstehung und das Voranschreiten von Krebs beeinflussen können, schneller zu erkennen und zu interpretieren.

Immuno-Onkologie-Panel
Das neue QIAseq-TMB-Panel repräsentiert das breiteste Spektrum von Markern im Zusammenhang mit Biomarkern in der Immono-Onkologie und bietet damit eine tiefgehende Analyse neuer Biomarker, die das Potenzial haben, Reaktionen auf Immuntherapie bei fortgeschrittenem Krebs vorherzusagen, beispielsweise auf die wachsende Klasse von Checkpoint-Inhibitor-Medikamenten.

Das QIAseq-TMB-Panel ist für die Verwendung auf jeder kommerziellen NGS-Plattform ausgelegt. Der Workflow nimmt Varianten von 486 Genen ins Visier und deckt vollständige Exons ab. In einem einzigen Panel erkennt QIAseq TMB die Tumormutationslast (TMB), die gesamte Anzahl von Mutationen in Codierbereichen eines Tumorgenoms; Mikrosatelliteninstabilität (MSI), eine Prädisposition für genetische Mutationen aufgrund einer beeinträchtigten DNA-Reparaturfähigkeit; Einzelnukleotid-Varianten (SNV), Veränderungen eines einzelnen DNA-Strangs; und Indels, kleine Insertionen oder Deletionen in der DNA.

Das QIAseq-TMB-Panel generiert laut Unternehmen effizient Daten mit höherer Empfindlichkeit bei geringerem DNA-Bedarf (40 ng) als ganze Exome oder kleinere gezielte Panels mit Forschungsbezug. Wie andere QIAseq-Workflows enthält das Panel eindeutige molekulare Indizes (unique molecular indexes, UMI), die jedes Molekül in einer Probe in einen frühen Stadium kennzeichnen, um Fehler in der nachgelagerten Analyse zu vermeiden und höherwertige Ergebnisse zu liefern. Mit der Einführung des neuen Panels erweitert Qiagen seine Präsenz in der Immuno-Onkologie, die durch Verbesserungen bei der Unterstützung von Qiagens QCI Interpret im Bereich der Entscheidungsunterstützung für somatische Krebserkrankungen noch verstärkt wird, das nun die Interpretation und das Berichten von TMB und MSI durch die Nutzung von Qiagens CLC Genomics Workbench ermöglicht.

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