Meilenstein für die Mikrobiologie
Weltweit größte Bakteriendatenbank enthält mehr als 100.000 Stämme
Die Bacterial Diversity Database (BacDive) des Leibniz-Instituts DSMZ ist die größte Wissensdatenbank für standardisierte Informationen zu Bakterien und Archaeen weltweit. Sie bietet eine umfassende Ressource zur phänotypischen Vielfalt von Prokaryoten mit Daten zu Taxonomie, Morphologie, Physiologie, Kultivierung und zahlreichen weiteren Merkmalen.
BacDive wurde als "ELIXIR Core Data Resource" sowie als Global Core Biodata Resource international ausgezeichnet und stellt einen zentralen Bestandteil der "DSMZ Digital Diversity-Plattform" des Leibniz-Instituts DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH in Braunschweig dar. Mit der aktuellen Version 2025 erreicht die Datenbank nun einen besonderen Meilenstein: Sie enthält erstmals Informationen zu mehr als 100.000 Stämmen.
Über 100.000 Stämme in der Datenbank
Als BacDive 2012 erstmals veröffentlicht wurde, umfasste die Datenbank 17.335 Stämme aus der bakteriellen Sammlung des Leibniz-Instituts DSMZ. Ergänzt wurden diese durch Informationen zu Taxonomie, Morphologie, Physiologie und Herkunft aus internen Sammlungsunterlagen. In den Folgejahren wurde die Datenbank kontinuierlich erweitert. Jährlich kamen neue Stämme und Datensätze hinzu – nicht nur aus der DSMZ, sondern auch aus anderen wissenschaftlich anerkannten Quellen.
Zu diesen Quellen zählen insbesondere Fachliteratur, vor allem Erstbeschreibungen neuer Arten, interne Unterlagen weiterer Bioressourcensammlungen wie der Culture Collection der Universität Göteborg und der Culture Collection des Institut Pasteur, private Stammsammlungen, andere Datenbanken sowie weitere relevante Quellen. Für die aktuelle Version wurden zusätzlich neue Stammdaten der DSMZ sowie Informationen zu Typstämmen neu beschriebener Arten aus der LPSN-Datenbank integriert. Damit enthält BacDive aktuell Daten zu insgesamt 100.872 Stämmen.
Neues Design und Premiere des Genombrowsers
Mit der Version 2025 präsentiert sich BacDive zudem in einem neuen, modernen Erscheinungsbild. Die überarbeitete Website, die in den vergangenen sechs Monaten in einer Beta-Phase getestet wurde, folgt dem gemeinsamen Design der DSMZ Digital Diversity-Plattform. Sie bietet eine intuitive Navigation sowie klar strukturierte Detailseiten zu den einzelnen Stämmen.
Gleichzeitig vollzieht BacDive einen wichtigen Schritt in Richtung Genomik. Erstmals wird mit dem neuen Genombrowser eine Funktion eingeführt, die genomische Informationen direkt innerhalb der Datenbank visualisiert. Als Datenbank für phänotypische und Herkunftsdaten zeigte BacDive bislang lediglich die Accession Numbers der Sequenzen sowie Verlinkungen zu externen Sequenzdatenbanken an. Mit dem neuen Genombrowser werden nun erstmals auch genomische Annotationen dargestellt. Die Anwendung listet und visualisiert Bakta-Annotationen von "INSDC-Genom-Assemblies". Nutzerinnen und Nutzer können durch das annotierte Genom navigieren, gezielt nach Genmerkmalen suchen und detaillierte Informationen zu diesen abrufen.
Hintergrund
BacDive verfolgt das Ziel, Forschungsdaten auf Stammebene aus unterschiedlichen Quellen zu bündeln und frei zugänglich bereitzustellen. Die Datenbank ist ein zentraler Bestandteil der DSMZ Digital Diversity-Plattform und wird vom Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen betrieben.
Quelle: Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH
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