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Amplifikation ohne synthetische Primer - Komplettes Genom von Einzelzellen

Amplifikation ohne synthetische PrimerKomplettes Genom von Einzelzellen

Die Sygnis AG gab jetzt die Markteinführung ihres TruePrime™ Single Cell WGA Kits bekannt, dem ersten Produkt aus der TruePrime™-Produktlinie zur Amplifikation des gesamten Genoms aus Einzelzellen. Der neue Kit basiert auf einer völlig neuen Multiple Displacement Amplifikationstechnik (MDA-Technik) für die Vervielfachung verschiedener DNA- und RNA-Formen.

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Amplification Kit

Die genetische Analyse von Einzelzellen ist heute eine der interessantesten Anwendungen beim Next Generation Sequencing (NGS), da sie die Möglichkeit einer genauen Analyse von zum Beispiel krebsrelevanten Mutationen in Proben bietet, die mittels Biopsie aus unterschiedlichen Bereichen des Tumors entnommen wurden, oder die Charakterisierung des Therapiestatus eines Patienten in der personalisierten Medizin erlaubt. Die Menge an DNA, die aus solchen Proben gewonnen werden kann, ist begrenzt und reicht für nachfolgende Analysen häufig nicht aus, so dass sie amplifiziert werden muss.

Basierend auf der von kürzlich entwickelten Primase TthPrimPol, steht TruePrime™ für einen völlig neuen Weg der Amplifikation von DNA oder RNA in einer Probe. Während der bisherige Goldstandard MDA kurze DNA-Moleküle (Oligonukleotide) braucht, um die Amplifikation zu starten, benötigt TruePrime™ keine solchen synthetischen Primer.

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Die daraus resultierenden Vorteile dieses innovativen Ansatzes sind enorm und liegen in der kompletten Vermeidung von normalerweise auftretenden Artefakten in Verbindung mit der Verwendung von Oligonukleotiden, einer im Vergleich zur Verwendung synthetischer Primer reduzierten Verzerrung der Amplifikation, eine überdurchschnittliche Genauigkeit, da kontaminierende (Fremd-)DNA nicht amplifiziert wird sowie einer herausragenden Reproduzierbarkeit bei der Amplifikation von DNA aus einzelnen Säugerzellen. Darüber hinaus zeigt TruePrime™ eine höhere Sensitivität, ist einfach in der Anwendung und lässt sich mit allen gängigen NGS-Plattformen kombinieren.

Die TruePrime™-Technik
TruePrime™ ist der Markenname einer neuen Multiple Displacement Amplifikationstechnik und eines der Schlüsselprodukte im Sygnis-Portfolio. TruePrime™ basiert auf der Kombination einer kürzlich entdeckten Polymerase “TthPrimPol” mit einer hoch prozessiven und akkuraten Phi29-Polymerase zur gleichmäßigen Amplifikation vollständiger Genome aus nur wenigen Zellen oder Einzelzellen. Die Fähigkeit der Phi29-Polymerase zur Trennung von DNA-Doppelsträngen erlaubt die direkte Bildung neuer Primer durch TthPrimPol auf den gerade freigelegten Strängen. Diese Primer dienen als Anknüpfpunkte für die Phi29-Polymerase, die dann direkt mit der Amplifikation beginnt, was zu einer exponentiellen DNA-Vermehrung unter isothermalen Bedingungen führt.

Der Next Generation Sequencing Markt
Mit einer geschätzten Wachstumsrate von über 23% in den kommenden Jahren gilt NGS heute als einer der wachstumsstärksten und lukrativsten Bereiche des Genomforschungsmarktes. Das globale Marktvolumen für NGS wird heute auf ca. $2,5 Milliarden geschätzt mit einem Potenzial von $8,7 Milliarden in 2020 (MarketsandMarkets, September 2014). Obwohl NGS heute noch vor allem in Forschungseinrichtungen angewendet wird, lassen die Weiterentwicklungen dieser Technik im Bereich Durchsatz, höhere Genauigkeit und Kosteneffizienz sowie wertschaffendes Datenmanagement NGS immer attraktiver für kommerzielle Anwendungen werden. Vor allem in der Diagnostik, Arzneimittelforschung, Entdeckung von Biomarkern und personalisierten Medizin in klinischen Labors, Krankenhäusern und in der Pharmaindustrie sehen Marktexperten ihr größtes Potenzial.

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