Bioinformatik in der Krebsforschung

Analyse von RNA-Sequenzdaten

Das Unternehmen Qiagen hat kürzlich den RNA-seq-Explorer auf den Markt gebracht. Hierbei handelt es sich um ein Bioinformatik-Tool zur Analyse und Auswertung von „Omics“-Daten aus Flüssigbiopsie-Proben. Der RNA-seq-Explorer, der mit Ingenuity® Pathway Analysis™, Biomedical Genomics Workbench® sowie anderen Bioinformatik-Produkten von Qiagen arbeitet, soll eindeutige Erkenntnisse zur Verbesserung der Diagnose und Behandlung von Krebs liefern.

Der RNA-seq-Explorer ist ein extrem leistungsfähiges Bioinformatik-Tool für die Analyse und Interpretation von RNA-Sequenzdaten aus Flüssigbiopsien, inklusive Exosomen, die von Tumoren ausgeschieden werden.

„Der RNA-seq-Explorer ist ein extrem leistungsfähiges Bioinformatik-Tool für die Analyse und Interpretation von RNA-Sequenzdaten aus Flüssigbiopsien, inklusive Exosomen, die von Tumoren ausgeschieden werden. Für die Analyse von Flüssigbiopsie-Proben mittels des Next-Generation-Sequencing werden Tools von höchster Präzision benötigt, um den verrauschten Daten einen Sinn zu geben“, erläutert Dr. Laura Furmanski, Senior Vice President und Leiterin des Geschäftsbereichs Bioinformatik von Qiagen.

Die RNA-seq-Explorer-Software ermöglicht die präzise Erkennung und Validierung von Biomarkern und bietet Forschern die Möglichkeit, aus den Rohdaten im FASTQ-Format aussagekräftige Erkenntnisse über die genetischen Auslöser von Krebs zu gewinnen. Die Anwendung stützt sich auf die Ingenuity Pathway Analysis (IPA) von Qiagen, eine webbasierte Softwaresuite, die die Analyse, Auswertung und das Verständnis von Genexpressionsdaten ermöglicht. IPA wird durch die manuell kuratierte Ingenuity Knowledge Base mit hoch strukturierten, detailreichen biologischen und chemischen Ergebnissen unterstützt. Die RNA-seq-Explorer-Anwendung integriert zudem die Biomedical Genomics Workbench von Qiagen, eine Datenanalyseplattform, die End-to-End-Workflows und Tools für den Abgleich, die Normalisierung und die statistische Auswertung experimenteller NGS-Ergebnisse bietet.

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