Fachbeitrag

DNA-Sequenziergeräte


Die LABO-Redaktion eruierte für Sie die verschiedenen auf dem Markt befindlichen DNA-Sequenziergeräte und deren wichtigsten Merkmale. Außerdem fragten wir die Anbieter, was ihrer Meinung nach die wichtigsten Besonderheiten ihrer Sequenziergeräte sind. Die Antworten lesen Sie nachfolgend.

Applied Biosystems

Applied Biosystems ist bekannt für seine Technologien, die die historische Entschlüsselung des Humangenoms ermöglicht haben. Mit SOLiD, dem Sequenziersystem der nächsten Generation, bietet das Unternehmen nun eine weitere Innovation für den Life-Science-Bereich. SOLiD vereint ultrahohen Durchsatz, Genauigkeit, Flexibilität und Skalierbarkeit.

Mit seinen Kapillarelektrophoresegeräten setzte Applied Biosystems Standards für die genetische Analyse – die Sequenziersysteme sind die robustesten weltweit. Bis heute haben 14000 Genetic Analyzer von Applied Biosystems weltweit rund 450 Genome entschlüsselt, 700 weitere Projekte sind in Arbeit.

Durch sein Angebot an Next-Generation-Systemen sowie der Entwicklung neuer Anwendungen für die Kapillarelektrophorese bietet Applied Biosystems Komplettlösungen für verschiedene Anwendungen von der Identifizierung über die Validierung bis hin zum Hochdurchsatz-Screening. Zusammen liefern die Systeme das breiteste Angebot für die genetische Analyse.

Beckman Coulter

  • Eine Plattform für Sequenzierung, Fragmentanalyse und Genexpression (GeXP).
    • Integriertes Hochdurchsatz-Gen-Expressions-Modul für schnelle und kostengünstige quantitative Genexpression (GeXP).
    • Sehr langlebige und stromsparende Diodenlaser.
    • Sehr einfache Handhabung.
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ROCHE

Das Genome Sequencer-FLX-System bietet von der Probenvorbereitung bis hin zur Datenerfassung eine Gesamtlösung. Die Technik basiert auf einer neuartigen Nanotechnologie und generiert mindestens 100 Mio. qualitätsgefilterte Basen in einem 7,5-stündigen Lauf (Mitte 2008: 1 Mrd. in weniger als 24 h). Die 100 Mio. Basen bestehen aus mindestens 400000 Sequenzen mit einer durchschnittlichen Länge von 200...300 Basen (>400 Basen Mitte 2008). Bei einer 10...15-fachen Abdeckung beträgt die Konsensus-Genauigkeit mindestens 99,99 %.

Das System schließt sämtliche Softwarekomponenten ein, die zur Durchführung des Sequenzierlaufs, zur Datenakquise, zur Prozessierung der Rohdaten und zur Erstellung der Ergebnisdateien im FASTA-Format und von vom „National Center for Biotechnology Information“ (NCBI) akzeptierten Trace-Dateien notwendig sind.

Die Sequenzierungsreaktion erfolgt in sogenannten „PicoTiter-Plates“. Jeder Napf wird mit je einem klonalen DNA-Fragment, gebunden auf einem Trägerbead, beschickt. Zusätzliche Auftragshilfen erlauben die parallele Sequenzierung von bis zu 16 unterschiedlichen Proben und bieten damit höchste Flexibilität.

Als einziges Hochdurchsatz-System ermöglicht der Genome Sequencer FLX die Verwendung unterschiedlicher Adaptoren (12 Stk.) für die spezifische Erkennung mehrerer Proben in einem Lauf an (Multiplex Identifier/MIDs).

Diese Antwort stammt von Jürgen Boelter und Volker Strack, Key Account Manager Sequenzierung.

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